Do ulaska RH u EU (01.07.2013. godine) projekti financirani iz EU fondova bili su oslobođeni plaćanja PDV-a, budući da je PDV trošak po ovim projektima mogao biti dozvoljeni trošak samo u iznimnim situacijama i uz posebne dokaze da se nije mogao izbješi.

Nakon ulaska RH u EU, na pružanje usluga i nabavu dobara u sklopu projekta financiranih od strane Europske unije, PDV se se obračunava.

Izuzetak predstavljaju u skladu sa odredbama čl. 198 Pravilnika o PDV-u projekti EU, koji su sklopljeni prije 01.07.2013. godine, te se na navedene ne obračunava PDV. Navedeno se odnosi na projekte iz komponenta:

• IPA II. Prekogranična suradnja programi sa Slovenijom i Mađarskom;
• IPA III. Regionalni razvoj, te
• IPA IV. Razvoj ljudskih potencijala.

Navedeno se odnosi na sve postupke nabave koje je provedbeno tijelo (provedbena agencija) pokrenula do 30.06.2013. godine, te na sve postupke nabave koje provodi korisnik prijeka temeljem glavnog ugovora sklopljenog sa provedbenim tijekom.

Da bi ove usluge bile neoporezive, neophodno je zadovljenje sljedećih koraka u skladu sa odredbama čl. 198 Pravilnika o PDV-u:

• Državno tijelo nadležno za projekt obvezno je korisniku projekta dati jedan primjerak ovjerenog preslika stranica ugovora iz kojih se vide podaci o potpisniku ugovora, naziv projekta, broj ugovora, iznos i namjena potpore – financijske pomoći.

• Ovjeren preslik stranica ugovora iz stavka 2. ovoga članka podnosi se i nadležnoj carinarnici, radi oslobađanja od plaćanja PDV-a, kada se radi provedbe programa pomoći – financijske potpore obavlja uvoz dobara.

• Korisnik projekta preslik tih ovjerenih stranica ugovora ovjerava svojim pečatom i daje isporučitelju pri nabavi dobara i usluga. Navedeni ovjereni preslik će isporučitelju biti dokaz da ima pravo ne zaračunati PDV pri isporuci dobara i usluga u skladu s odredbom članka 13. točka 4. Dodatka A Okvirnog sporazuma između Europske komisije i Vlade Republike Hrvatske u svezi sudjelovanja Republike Hrvatske u programima pomoći Europske zajednice za projekte koji se financiraju iz potpore Europske zajednice i odredbom članka 26. stavak 2. točka b) Okvirnog sporazuma između Vlade Republike Hrvatske i Komisije europskih zajednica o pravilima za suradnju u svezi financijske pomoći Europske zajednice Republici Hrvatskoj u provedbi pomoći u okviru Instrumenta pretpristupne pomoći (IPA), te u skladu s odredbama o oslobođenju od PDV-a drugih programa koji se financiraju iz sredstava Europske zajednice u svezi financijske pomoći Republici Hrvatskoj.

• Ako je državno tijelo nadležno za projekt ujedno i korisnik projekta, tada ono kao korisnik projekta daje ovjereni preslik stranica ugovora isporučitelju dobara radi ostvarivanja prava na oslobođenje od plaćanja PDV-a.

• Državno tijelo nadležno za projekt obvezno je Poreznoj upravi, Područnom uredu Zagreb, do kraja veljače tekuće godine za prethodnu godinu, dostaviti izvješće o ostvarenim oslobođenjima od plaćanja PDV-a pri nabavi robe i usluga u tuzemstvu na Obrascu »Izvješće o ostvarenim oslobođenjima od plaćanja PDV-a« koji je sastavni dio ovoga Pravilnika, po svakom korisniku projekta i ugovoru unutar projekta koje se financira iz potpore – financijske pomoći Europske zajednice.

• Državno tijelo nadležno za projekt obvezno je voditi evidencije o ostvarenim oslobođenjima pri nabavi robe i usluga u tuzemstvu po korisnicima projekta.

• Korisnik projekta obvezan je voditi evidenciju o ostvarenim oslobođenjima pri nabavi robe i usluga u tuzemstvu po isporučiteljima dobara i usluga koja mora sadržavati podatke o nazivu projekta, broj ugovora i podatke o isporučiteljima (naziv, adresu, osobni identifikacijski broj, odnosno porezni broj stranog isporučitelja), broj računa i iznos naknade za isporučena dobra i obavljene usluge.